KH Muhammad Munawwir lahir di Kauman, Yogyakarta, dari pasangan KH Abdullah Rosyad dan Khodijah. KH M. Munawwir beristrikan empat orang, yaitu Ny. R.A. Mursyidah dari Kraton, Ny. Hj. Suistiyah dari Wates, Ny. Salimah dari Wonokromo, dan Ny. Rumiyah dari Jombang. Ketika istri pertamanya meninggal dunia, KH M. Munawwir menikahi Ny. Khodijah dari Kanggotan, Gondowulung.

Sejak kanak-kanak, KH M. Munawwir belajar Al-Qur'an di Bangkalan, sebuah pesantren yang diasuh oleh KH Maksum. Selain belajar Al-Qur'an, ia juga belajar ilmu-ilmu keislaman lainnya dari para kiai, seperti KH Abdullah dari Kanggotan Bantul, KH Kholil dari Bangkalan Madura, KH Sholih dari Darat Semarang, dan KH Abdur Rahman dari Watucongol Muntilan Magelang. Pada tahun 1888 KH M. Munawwir meneruskan belajar ke Mekkah dan menetap di sana selama 16 tahun. Dari Mekkah KH M. Munawwir melanjutkan belajar ke Medinah. Setelah 21 tahun bermukim di kedua kota suci itu, dan memperoleh ijazah mengajar tahfiz Al-Qur’an, ia kembali ke Yogyakarta pada tahun 1911. Selama di Mekah dan Medinah ia memperdalam Al-Qur'an, tafsir, dan qiraat sab‘ah dari beberapa guru, antara lain Syekh Abdullah Sanqara, Syekh Syarbini, Syekh Muqri, Syekh Ibrahim Huzaimi, Syekh Manshur, Syekh Abd. Syakur, dan Syekh Musthafa. Hafalan Al-Qur'an yang ia kuasai saat belajar di kedua kota suci tersebut lengkap dengan qiraat sab‘ahnya, sehingga KH M. Munawwir terkenal dengan alim Jawa pertama yang berhasil menguasai qiraat sab‘ah.

KH M. Munawwir berguru qiraat sab‘ah kepada Syekh Yusuf Hajar. Sanad tahfiznya, dengan qiraat Imam ‘Asim menurut riwayat Imam Hafs, mengambil dari Syekh ‘Abdul Karim ‘Umar al-Badri, dari Syekh Isma‘il Basyatin, dari Syekh Ahmad ar-Rasyidi, dari Syekh Mustafa ‘Adurrahman al-Azmiri, dari Syekh Hijazi, dari Syekh ‘Ali bin Sulaiman al-Mansuri, dari Syekh Sultan al-Mizahi, dari Syekh Saifuddin ‘Ataillah al-Fadali, dari Syekh Sahazah al-Yamani, dari Syekh Nasiruddin at-Tablawi, dari Syekh Abu Yahya Zakariyya al-Ansari, dari Imam Ahmad al-Asyuti, dari Imam Muhammad bin Muhammad al-Jazari, dari Imam Muhammad bin ‘Abdul Khaliq al-Misri, dari Imam Abu al-Hasan ‘Ali bin Syuja‘, dari Imam Abu al-Qasim asy-Syatibi, dari Imam ‘Ali bin Muhammad bin Huzail, dari Imam Sulaiman bin Najah al-Andalusi, dari Imam Abu ‘Amr ‘Usman ad-Dani, dari Imam Tahir bin Galbun, dari Imam Ahmad bin Sahl al-Asynani, dari Imam ‘Ubaid bin as-Sabah, dari Imam Hafs bin Sulaiman, dari Imam ‘Asim bin Abi an-Najud, dari Imam ‘Abdurrahman as-Sulami, dari Zaid bin Sabit, Ubay bin Ka‘b, ‘Abdullah bin Mas‘ud, ‘Ali bin Abi Talib dan ‘Usman bin ‘Affan, yang mengambil langsung dari Rasulullah.

Setelah KH M. Munawwir kembali ke Yogyakarta, ia mendirikan majelis pengajian, dan merintis berdirinya Pondok Pesantren Krapyak. Selama kurang lebih 33 tahun menjadi pengasuh PP. Krapyak, KH M. Munawwir mewariskan ilmu kepada para muridnya, dan kelak tidak sedikit di antara mereka yang mendirikan pondok pesantren Al-Qur'an. Di antara para muridnya itu adalah KH Arwani Amin Kudus, KH Badawi Kaliwungu Semarang, K. Zuhdi Nganjuk Kertosono, KH Umar Mangkuyudan Solo, KH Umar Kempek Cirebon, KH Nor/Munawwir Tegalarum Kertosono, KH Muntaha Kalibeber Wonosobo, KH Murtadlo Buntet Cirebon, KH M. Ma‘shum Gedongan Cirebon, KH Abu Amar Kroya, KH Suhaimi Benda Bumiayu, KH Syatibi Kiangkong Kutoarjo, KH Anshor Pepedang Bumiayu, KH Hasbullah Wonokromo Yogyakarta, dan KH Muhyiddin Jejeran Yogyakarta.

KH M. Munawwir dikenal sebagai seorang yang istiqamah dalam beribadah. Salat wajib dan sunnah rutin dikerjakannya. Wirid Al-Qur'an selalu ia khatamkan sepekan sekali, biasanya setiap hari Kamis. Sifat muru'ah tercermin dari kerapiannya berpakaian. Ia terus-menerus mengenakan tutup kepala (kopiah atau serban), berpakaian sederhana, dan terkadang mengenakan pakaian dinas Kraton Yogyakarta saat menghadiri acara resmi kraton. KH Munawwir adalah sosok yang memiliki perhatian besar terhadap keluarga dan para santrinya. Wejangan-wejangan yang ia sampaikan dalam pengajian secara apik diterapkan dalam pergaulan sehari-hari. Ia tidak membedakan tamu yang mendatanginya, semua ia sambut dengan baik. Bahkan, ia sesekali bersilaturahmi kepada keluarga santrinya, begitu pula kepada tetangganya. KH Munawwir sakit selama 16 hari sebelum meninggal dunia pada tanggal 11 Jumadil Akhir 1360 H (6 Juli 1942) di rumahnya, di Pondok Pesantren Krapyak, Yogyakarta. KH Munawwir dikenal sebagai pembuka tradisi tahfiz, khususnya, di Yogyakarta dan Jawa Tengah.

(Harits Fadlly – Diringkas dari buku Para Penjaga Al-Qur'an, Jakarta: Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur’an, 2011).