KH. Yusuf Junaedi lahir di Kaliwungu, Kendal, Jawa Tengah, tahun 1921, dari pasangan Kiai Junaedi dan Nyai Hafsah. Tanggal dan bulan kelahirannya terdapat perbedaan, antara 5 Mei 1921 di Kartu Tanda Penduduk tahun 1973 dan 5 Maret 1921 di kartu peserta Taspen. Kiai Junaedi dikaruniai sembilan anak yang semuanya hafiz Al-Qur'an, dan KH. Yusuf Junaedi adalah anak yang kelima. Kesembilan anak Kiai Junaedi bernama Sonhaji Junaedi, Asy‘ari Junaedi, Zainal Abidin Junaedi, Ruqayah Junaedi, Yusuf Junaedi, Wahidatun Junaedi, Zahrotun Junaedi, Muwafiq Junaedi, dan Tahrir Junaedi. KH. Yusuf Junaedi diceritakan hafal Al-Qur'an saat berusia 9 tahun melalui KH. Ahmad Badawi. Pernikahan pertamanya bersama putri Kiai Mimbar, Kaliwungu tidak berlangsung lama, karena istrinya meninggal dunia saat melahirkan anaknya. Pernikahan keduanya bersama Hj. Asiyah pada sekitar tahun 1947 adalah ketika dia berguru ke kampung Karangjongkeng, Brebes.

Perjalanan hidup KH. Yusuf Junaedi bermula dari tanah kelahirannya di Kaliwungu, Kendal, kemudian pergi mondok ke Ngebel, Secang, Magelang, kemudian berguru ke Karangjongkeng, Brebes, kemudian terakhir menetap di Desa Laladon, Ciomas, Bogor (1951) dan mendirikan pesantren bernama Pondok Pesantren Aula Al-Qur'an (PPAQ) yang kini bernama Pondok Pesantren Ilmu Al-Qur'an (PPIQ). Pesantren ini khusus menghafal Al-Qur'an dan memiliki santri sekitar 25 orang yang kebanyakan berasal dari Banten (Serang, Rangkasbitung), Bekasi, atau Bogor.

KH. Yusuf Junaedi dianugerahi delapan anak, yaitu H. Musthofa, H. Murtadho, H. Hasanuddin, Hj. Fatimatul Yaqin, Maryan Muqnuti, Lu’luil Maqnun, Najib Husaini, dan Husnul Khatimah. Di antara anaknya yang hafal Al-Qur'an dan menjadi penerus pengasuh pesantren PPIQ adalah H. Murtadho sebagai pembimbing santriwan dan Hj. Fatimatul Yaqin sebagai pembimbing santriwati. KH. Yusuf Junaedi wafat pada 17 April 1987 (19 Sya‘ban 1407 H) di Bogor, dalam usia 66 tahun dan dimakamkan di kompleks pesantren. Adapun istrinya, Hj. Asiyah, meninggal dunia pada tahun 2000. Selain pengasuh pesantren, KH. Yusuf Junaedi bekerja sebagai seorang Pegawai Negeri Sipil (PNS) di Pengadilan Agama Kabupaten Bogor. Di mata santrinya, rekan sejawat PNS atau masyarakat sekitar pesantren, Kiai Yusuf dikenal sebagai pribadi yang jujur, tenang dan berwibawa. Sanad tahfiz Kiai Yusuf berasal dari KH. Ahmad Badawi, dari syekh Ahmad Ibadi al-Misri dan syekh ‘Abdullah bin Ibrahim al-Misri (ulama Masjidilharam). Sanad ini diteruskan kepada para santrinya, antara lain Kiai Muhdi, Sukaraja, Bogor, Hj. Isti‘anah (alumnus pesantren tahun 1975), pendiri pesantren tahfiz al-Mustaqimiyah (1991) di Lewisadeng, Leuwiliang, Bogor, Hj. Nurbaiti (Bekasi), H. Tibrizi (Serang), H. Suhrawardi (Tangerang), serta H. Hasan Basri (Dampit, Ciomas, Bogor).

Di pesantren, dalam mengasuh santri menghafal Al-Qur'an, Kiai Yusuf menerapkan metode tahsin dan tahfiz beriringan setiap hari. Para santri diharuskan mengaji tahsin bin-nazhar terlebih dahulu, baru kemudian bil-ghaib. Proses ini dilakukan bertahap per maqra’. Setoran hafalan dilakukan usai salat Subuh atau sore hari, sementara tashih bacaan dilakukan usai salat Maghrib. Jika santri belum benar tashih bacaannya, ia dilarang menyetorkan hafalan baru esok harinya, meskipun mampu. Pengulangan hafalan (takrir) dilakukan santri pada malam hari secara individual. Tahfiz Al-Qur'an dimulai dari Juz 30 karena berisikan surah-surah pendek, kemudian setelah selesai baru dimulai hafalan dari juz pertama dan seterusnya. Setelah mencapai hafalan lima juz, santri diharuskan mengulang hafalannya dari awal, demi menjaga kekuatan hafalannya. Cara lain yang diterapkan KH. Yusuf Junaedi dalam menjaga hafalan Al-Qur'an adalah melakukan sima‘an, baik di Bogor, Jakarta, maupun Banten. Kiai Yusuf dapat dikatakan sebagai pelopor sima‘an di Bogor, begitu pula dengan pembinaan tahfiz atau bahkan salah satu orang yang mengusulkan lomba tahfiz diikutkan pada Musabaqah Tilawatil Qur'an (MTQ). Karya tulis KH. Yusuf Junaedi yang disimpan oleh anaknya adalah dua buku catatan ilmu hikmah. Satu buku berukuran buku tulis biasa setebal 250 halaman, dan buku lainnya berukuran folio setebal hampir 100 halaman.

(Harits Fadlly – Diringkas dari buku Para Penjaga Al-Qur'an, Jakarta: Lajnah Pentashihan Mushaf Al-Qur'an, 2011)